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coursepistat:epiinfo

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Installation Epi Info 3.5 sous ((/Wine))

Installation de Wine: suivre ces instructions: 1) 

wget -q http://wine.budgetdedicated.com/apt/387EE263.gpg -O- | sudo apt-key add -
sudo wget http://wine.budgetdedicated.com/apt/sources.list.d/hardy.list -O /etc/apt/sources.list.d/winehq.list
sudo apt-get update ; sudo apt-get install wine

Ensuite, il faut configurer 2): 

winecfg

Rien de spécial à changer.

Puis télécharger Epiinfo (prendre la version complete installation package): http://www.cdc.gov/epiinfo/installation.htm

Installer: 

wine EpiInfoSetup3_5.exe

Il y a une erreur: 

ODBC 3.0 Service Pack 1
Command line option syntax error. Type Command /? for Help.

Mais l'installation se termine.

Pour démarrer Epiinfo, lancer le gestionnaire de fichiers Wine: 

winefile
  • sélectionner le disque C:\
  • double-cliquer sur Epiinfo (~C:\Epi_Info\EpiInfo.exe)

Malheureusement, ça ne fonctionne pas assez bien que pour l'utiliser (le module analyze se ferme inopinément, certaines fenêtres changent de place 10 fois par seconde).

J'ai donc installé Virtualbox: /MacBook/UbuntuHardyHeron, et Epi Info 3.3.2 tourne.

Problème:

  • je n'arrive pas à ouvrir un fichier .xls dans Epi Info (pour les fichiers epi 2000 en .mdb, c'est OK): c'est parce qu'ODBC n'est pas installé (fourni avec MS Office), ça n'a rien à voir avec Virtualbox

Module 1

A l'ESP, c'est la version 3) qui est utilisée car la version suivante est bugguée et que la version 3.5 n'a pas encore été testée à fond à ce jour.

N.B: create maps: mauvais module, donc on ne le verra pas au cours.

Fichiers de donnees epi info = .mdb (MS Access)

Exercice 1

Faire un questionnaire (Make View) et encoder les données (Enter Data)

Module 2

Exercice 2

Make view

  • pour pouvoir accéder à la restriction de l'encodage (“code tables”), il faut un champ de type texte (pas text uppercase)
    • avec Windows Vista, ce n'est pas possible: voir la note 4)
  • required: à utiliser avec parcimonie (ex: pour la clef: le numéro de dossier)

Enter Data:

  • encoder les 10 fiches

Analyze Data

  • d'abord sélectionner les données sur lesquelles on va travailler: “read”
READ 'F:\exercice2.MDB':viewEX2 LINKNAME=TMPLNK_4
  • sortir les fréquences
FREQ * EXCEPT Dossier
  • sortir les fréquences sans les fioritures (dans options “settings”):
FREQ * EXCEPT Dossier SHOWPROMPTS=(-) FREQGRAPH=(-) STATISTICS=NONE
  • pour ne pas devoir préciser à chaque fois, on peut le spécifier dans Options > Set
SET HYPERLINKS=(-) SHOWPROMPTS=(-) FREQGRAPH=(-) STATISTICS=NONE PERCENTS=(-)
  • répartition des fumeurs par sexe
    • Statistics > Tables
      • exposure variable: Fumeur
      • outcome variable: Sexe
TABLES Fumeur Sexe PERCENTS=(-)
  • créer des catégorie d'âge: Variables > Define
  • définir les catégories: Variables > Recode
DEFINE catage
RECODE Age TO catage
	20 - 24 = "20-24 ans"
	25 - 29 = "25-29 ans"
	30 - 34 = "30-34 ans"
	35 - 39 = "35-39 ans"
	ELSE = "autre"
END

Le programme ex2 complet (qu'on sauve dans le projet ex2.mdb en cliquant sur le bouton “save” dans la fenêtre “Program Editor”): 

READ 'F:\exercice2.MDB':viewEX2
SET HYPERLINKS=(-) SHOWPROMPTS=(-) FREQGRAPH=(-) PERCENTS=(-) STATISTICS=NONE 
FREQ * EXCEPT Dossier
TABLES Fumeur Sexe
TABLES Malade Sexe
DEFINE catage
RECODE Age TO catage
	20 - 24 = "20-24 ans"
	25 - 29 = "25-29 ans"
	30 - 34 = "30-34 ans"
	35 - 39 = "35-39 ans"
	ELSE = "autre"
END
FREQ  catage

On peut sauver le fichier d'output: Output > ~RouteOut: cocher “replace any existing file” pour éviter d'avoir un trop long fichier (il écrase l'output précédent, sinon il garde tout l'historique): 

ROUTEOUT 'F:\resultat_ex2.htm' REPLACE

On peut exploiter ce fichier HTML dans un autre logiciel (ex: MS Word), par exemple comme base de départ pour un rapport.

Conseils d'utilisation

Lorsqu'on commence à travailler:

  • sauver l'output dans un fichier HTML
  • ouvrir les données
  • sélectionner les préférences pour les options

Exemple: 

ROUTEOUT 'F:\resultat_ex2.htm' REPLACE
READ 'F:\exercice2.MDB':viewEX2
SET HYPERLINKS=(-) SHOWPROMPTS=(-) FREQGRAPH=(-) PERCENTS=(-) STATISTICS=NONE

Exercice 3

  • faire le formulaire de saisie
  • encoder les 30 fiches
  • recopier le fichier de Michel Candeur sur le disque réseau 5)
1)
http://www.ubuntu-unleashed.com/2008/05/howto-install-latest-wine-in-ubuntu.html How to Install the latest Wine in Ubuntu Hardy Heron
2)
/Wine
3)
ftp://ftp.cdc.gov/pub/Software/epi_info/epiinfo332/ 3.3.2
4)
http://www.cdc.gov/epiinfo/vista.htm Known Vista Issues
5)
file:T:\Candeur\Ex3Complet.mdb)) avec lequel chacun va travailler * analyses * distribution de fréquences aec et sans les données manquantes, sans la variable Patient <code>FREQ * EXCEPT Patient FREQ * EXCEPT Patient MISSING=(+)</code> * répartition des hommes et des femmes par consultation <code>TABLES Sexe Consultation</code> * répartition des hommes et des femmes âgés d'au moins 25 ans pour la consultation STD: Select/if > Select, puis Statistics > Frequencies + ne pas oublier Select/if > Cancel Select <code>SELECT Consultation=“STD” and age >= 25 FREQ Sexe SELECT</code> * calculez l'intervalle (en jours, en mois et en années) séparant les 2 tests: <code>DEFINE jours ASSIGN jours= days(Date1,Date2)</code> * pour vérifier, on liste les 3 variables date1, date2 et jours <code>LIST Date1 Date2 jours GRIDTABLE</code> * déterminez un groupe des nouveaux cas positifs, et présentez leur répartition par consultation et par sexe: Variables > Define + Select/if > If (dans lequel il faut faire après “then” et “else” Variables > Assign) <code>DEFINE nouvcas IF Resultat1= (-) AND Resultat2= (+) THEN ASSIGN nouvcas=2 ELSE ASSIGN nouvcas=1 END FREQ nouvcas</code> ==== Tips == * pour introduire un commentaire, commencer la ligne par une étoile: <code>* commentaire</code> * pour exécuter une ligne du programme, positionner le curseur sur la ligne et cliquer sur le bouton “Run this command” (ou alt+t) * NB: une seule ligne à la fois * la valeur la plus basse pour la variable = “LOVALUE” * la valeur la plus haute pour la variable = “HIVALUE” === Exercice 4 == * importer un fichier Epi Info 6 * regarder les données en regardant la distribution de fréquences <code>FREQ *</code> * nettoyer les données pour chaque variable avec if then else * enregistrer les données (write) * lire le fichier qu'on vient d'enregistrer === Exercice 6 == Pour calculer la différence entre 2 dates: <code>days(date1,date2) > nombre de jours years(date1,date2) > nombre d'années (entier)</code> Pour arrondir: <code>round(age)</code> Pour garder la partie entière: <code>trunk(age)</code> Recode: catégoriser des variables <code>DEFINE etumere2 RECODE ETUMERE TO etumere2 1 - 2 = “primaire” 3 - 4 = “secondaire” 5 - 6 = “supérieur” 7 - 8 = “autre”</code> ==== Stats == <code>MEANS PN SEXE</code> Sans options, on n'a pas assez: juste une table (inutile) et p-value (insuffisant): <code>MEANS PN SEXE TABLES=(-) STATISTICS=INTERMEDIATE</code> === 25/07/08 == ==== Exporter les tables d'output d'Epi Info vers MS Excel == Pour choisir le répertoire par défaut: Outils > Options > onglet General > Dossier par défaut Sortir une fréquence dane Epi Info, sélectionne la table HTML (ctrl+c), ouvrir une feuille d'un classeur dans MS Excel, et coller (ctrl+v). Ensuite, on peut faire un graphique dans MS Excel. Si on exporte le graphique dans MS Powerpoint, il n'est pas lié au graphique dans le classeur MS Excel (on peut l'éditer en double-cliquant sur le graphique dans MS Powerpoint, mais c'est un tableur basique).
coursepistat/epiinfo.txt · Last modified: 2013/01/30 17:52 (external edit)

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